วัดกวิศรารามแต่เดิมคงเป็นวัดร้าง ไม่มีพระสงฆ์จำพรรษา พระอุโบสถเดิม ซึ่งตามลักษณะเป็นพระอุโบสถ สมัยอยุธยาตอนปลาย  ในสมัยสมเด็จพระนารายณ์มหาราชนั้น เป็นพระอุโบสถขนาดย่อมแบบมหาอุด มีประตูเข้าออกทางเดียว ผนังเจาะเป็นช่องไม่มีหน้าต่าง พระประธานซึ่งเป็นของเก่าแก่มาแต่เดิม เป็นพระพุทธรูปปางมารวิชัย

สมัยอู่ทอง หลังคาของเดิมมุงด้วยกระเบื้องลอนแบบจีน ที่เรียกว่ากาบู ภายในพระอุโบสถตกแต่ง โดยเขียนลายประดับเต็มทั่วทั้งที่ผนังและเสาทุกต้น สำหรับพระประธานนั้น นักโบราณคดีตรวจสอบแล้ว ให้ข้อสังเกตว่า
พระประธาน ซึ่งเป็นพระขนาดใหญ่ ประดิษฐานในพระอุโบสถมาแต่ต้นนั้น พระพุทธรูป ซึ่งอาจอัญเชิญพระเก่ามาเป็นประธาน แต่ลักษณะของฐานชุกชี และ การประดิษฐานพระนั้น เป็นแบบที่อยู่ในความนิยมเมื่อครั้งก่อนสมัยสมเด็จพระนารายณ์มหาราชมาก บางทีอาจเป็นวัดเก่าแก่ที่สมเด็จพระนารายณ์มหาราช ทรงปฏิสังขรณ์ขึ้นก็เป็นได้ สันนิษฐานว่าคงจะเป็นเครื่องหมายบอกให้ทราบว่า วัดนี้เป็นวัดที่สมเด็จพระนารายณ์ฯ  ทรงสร้าง และคงจะทำขึ้นในคราวปฏิสังขรณ์นี้เอง แต่ฝีมือช่างตลอดจนลักษณะ และลวดลายนั้น ผิดแผกจากศิลปกรรมในรุ่นเดียวกัน อาจจะเป็นฝีมือช่างชาวลพบุรี จิตรกรรมฝาผนังที่งดงาม กราบนมัสการรูปเหมือน พระพุทธวรญาณ พระเถระผู้มีคุณธรรมสูง และบ่อน้ำศักดิ์สิทธิ์ ที่ถือน้ำพิพัฒน์สัตยา พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวทรงปฏิสังขรณ์ วัดกวิศรารามเรียบร้อยแล้ว ทรงอาราธนาพระสงฆ์ รามัญนิกายมาอยู่จำพรรษา โดยมีเจ้าอาวาสสืบต่อกันมากี่องค์ ไม่ปรากฏ แต่เจ้าอาวาสทุกองค์มีสมณศักดิ์เป็น “พระครูรามัญสมณคุณ” ต่อกันมา จนกระทั่ง เปลี่ยนจากวัดรามัญเป็นวัดมหานิกาย